素戔嗚尊：すさのおのみこと：を主神とし、朝夕、内裏の門の守護するという櫛石窓神：くしいわまどのかみ：、豊岩窓神：とよいわまどのかみ：の二神を合祀する社で、石神（：いわがみ：岩上）神社ともいわれる。

嵯峨天皇の後院（退位後の御所）冷泉院の鎮守社として崇められたと伝えられ、慶長7年（1602）、二条城造営により現在地に移転したが、天明8年（1788）の火災にかかり、現在の社はその後再建されたといわれる。

社名は、この地が鎌倉時代の内大臣 中山忠親：なかやまただちか：の邸跡に当たることに由来すると伝えられる。